Kolonoskopia w znieczuleniu ogólnym wymaga specjalnego przygotowania się, które powinno trwać siedem dni. Na tydzień przed datą planowanej kolonoskopii należy zaprzestać przyjmowania preparatów z żelazem, a także leków antyagregacyjnych i przeciwzakrzepowych. Z kolei pacjenci chorujący na cukrzycę powinni udać się do swojego lekarza i wspólnie z nim ustalić indywidualny plan postępowania. Nie wolno także jeść owoców zawierających pestki, a szczególnie kiwi, truskawek i winogron. Zakazane są także musli, siemię lniane, mak, pieczywo z ziarnami, buraki czerwone. Na trzy dni przed badaniem, którym jest kolonoskopia w znieczuleniu ogólnym, należy powstrzymać się od spożywania posiłków stałych. Najlepszym rozwiązaniem jest dieta płynna. Można sobie pozwolić na kawę, herbatę, soki bez miąższu, zupy pozbawione warzyw oraz wszelkich dodatków. Na dzień przed badaniem należy zjeść jedynie śniadanie i wystrzegać się napojów gazowanych oraz mlecznych. W okolicy godziny czternastej rozpoczynają się już zasadnicze przygotowania do kolonoskopii, gdzie pacjent przyjmuje preparat Fortrans, który dostępny jest na receptę w aptekach. Wystarczy jedno opakowanie zawierające cztery saszetki preparatu. Każdą saszetkę należy popić litrem czystej wody. Całość należy zużyć w ciągu sześciu godzin. Po rozpoczęciu przyjmowania tego środka nie wolno nic jeść i należy przygotować się na liczne wypróżnienia.